Συνολικά 6 αγώνες έχει δώσει ο Παναιτωλικός στην Αθήνα με γηπεδούχο τον Παναθηναϊκό. Ο μοναδικός βαθμός που έχει πάρει ήταν στο μακρινό 1976 στην πρώτη φορά που συναντήθηκαν οι δυο ομάδες σε επίπεδο Α΄εθνικής. Στα υπόλοιπα 5 παιχνίδια έχει ισάριθμες ήττες.
Αναλυτικά οι αγώνες πρωταθλήματος με γηπεδούχο τον Παναθηναϊκό:
23/05/1976 Παναθηναϊκός-Παναιτωλικός 1-1
23/01/1977 Παναθηναϊκός-Παναιτωλικός 4-1
22/04/2012 Παναθηναϊκός-Παναιτωλικός 4-0
18/08/2013 Παναθηναϊκός-Παναιτωλικός 2-0
08/02/2015 Παναθηναϊκός-Παναιτωλικός 1-0
04/ 01 /2016 Παναθηναϊκός –Παναιτωλικός 4-2